Übungen Molekulare Bioinformatik (1)

1.1)  Einige wichtige Datenbanken

Wer sind die verantwortlichen Institutionen und wo befinden sich die
  • a) SwissProt Datenbank?
  • b) GenBank
  • c) PIR-Datenbank

    •  
      Loesung in lsg_1.1

     

    1.2)  Stichwort Suche in Datenbanken

    Wieviele Einträge für Triose Phosphate Isomerase (TPI, TIM) gibt es

  • a) in der SwissProt Datenbank?
  • b) in der GenBank
  • c) in der PIR-Datenbank

    •  
      Loesung in lsg_1.2

     

    1.3)  Vergleich zweier Datenbankeinträge

    Vergleichen Sie die Eintrage für humane TPI in der SwissProt und der PIR-Datenbank. Achten Sie auf Querverweise und Einträge für
  • a) widersprüchliche Sequenzierungsergebnisse
  • b) Länge
  • c) Molekulargewicht
  • d) aktives Zentrum

    •  
      Loesung in lsg_1.3

     

    1.4)  Vorhersage von Protease Aktivität

    In wieviele Fragmente von mehr als 500 Dalton Molekulargewicht wird die humane TPI voraussichtlich zerschnitten von

  • a) Chymotrypsin?
  • b) Lysozym?
  • c) wie werden die Peptide und ihre Häufigkeit bestimmt?
    • Verwenden Sie dabei das Peptide Mass tool.
     
      Loesung in lsg_1.4

     

    1.5) Bestimmung von Peptidmassen

    Bestimmen Sie mithilfe des PeptideMass Programmes die Masse der humanen TPI, mit und ohne N-terminales Methionin, vergleichen  Sie mit den Datenbankeinträgen.
     
      Loesung in lsg_1.5

     

    1.6) Definition von Schlüsselsequenzen

    In vielen Fällen kann die Funktion einer neuen Sequenz anhand eines einzelnen Motifs(key patterns) bestimmt werden. Solche Motive sind in der PROSITE
    Datenbank zu finden. Geben Sie eine Consensus-Sequenz für die enzymatisch aktive Region von TPI an .
     
      Loesung in lsg_1.6

     

    1.7)  Enzyme Classification

    7) Was bedeutet die EC-Nummer  und wer ist für die Verwaltung und Definition der EC-Nummern zuständig?
     
      Loesung in lsg_1.7