zu a) Gehen Sie zur PIR-Datenbank (http://www-nbrf.georgetown.edu/pir/searchdb.html)
Verwenden Sie die Option "pattern/peptide match" (http://www-nbrf.georgetown.edu/nbrf/scan.html)
zu b) Suchen Sie mit ALT F nach geeigneten Stichworten
(etwa receptor)
Loesung in lsg_2.2
CCTTTGGTGCGGACCTCCAAAGTAAAAAATGAAGTTGCTAGTTTCAAGCAGGCGTTGAGCAA
ermittelt. Woher könnte die Sequenz stammen?
Gehen Sie zum NCBU/NIH (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/),
starten Sie eine Basic-BLAST-Sequenzsuche (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/).
Kopieren Sie die Sequenz in das Fenster (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/cgi-bin/BLAST/nph-newblast?Jform=0)
Wie interpretieren Sie den E-Value und den Score, die im zu jedem Treffer
(Hit) angegeben werden?
Was bedeutet tblastn? (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/blast_program.html)
b) Bei einer Sequenzierungsarbeit wird die Basenfolge
AATATTTTCTTTTGTGTAATTTCGAATTTAATTGTAGTTGTTGACAATAATTATTCTTTTA
ermittelt, es sind allerdings in der Region 18-39 wahrscheinlich fehlerhafte Basen.
Wie führt man die Suche sinnvollerweise durch? (Ersetze die
fragwürdige Region durch unbekannt (N))
Was passiert, wenn man die ursprüngliche Sequenz verwendet?
Was für ein Tier ist ein garden snapdragon und wie sieht ein garden
snapdragon aus?
Wie wird der garden snapdragon taxonomisch klassifiziert?
Anmerkung zu b)
Die originale Sequenz stammt aus Borrelia burgdorferi:
AATATTTTCTTTTGTGTCATCAGCAACAATTACTCCGTTGTTGACAATAATTATTCTTTTA
Es wurde eine Variante mit einer "random" Substitution erzeugt
original AATATTTTCTTTTGTGTAATTTCGAATTTAATTGTAGTTGTTGACAATAATTATTCTTTTA
variation AATATTTTCTTTTGTGTCAGTACGATTTGCATACGAATTGTTGACAATAATTATTCTTTTA
In die Sequenz wurde ein Stück aus garden
snapdragon(1178-1162)
eingespleißt, die neue Hybrid-Sequenz heißt:
AATATTTTCTTTTGTGTAATTTCGAATTTAATTGTAGTTGTTGACAATAATTATTCTTTTA
Sequenz mit Deletion
AATATTTTCTTTTGTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTGACAATAATTATTCTTTTA
Achtung: das Stück aus dem Snapdragon ist im inversen reading frame gelesen!!
original snap: actacaatta aattcgaaat tacacaaaag aaaatattac
inverse snap: GTAATATTTTCTTTTGTGTAATTTCGAATTTAATTGTAGT
Loesung in lsg_2.3
Der SwissProt Eintrag
auf dem Expasy-server hat den Accession
Code (AC P00642).
Die Sequenz im FASTA-Format ist
>ecori
SNKKQSNRLTEQHKLSQGVIGIFGDYAKAHDLAVGEVSKLVKKALSNEYP
QLSFRYRDSIKKTEINEALKKIDPDLGGTLFVSNSSIKPDGGIVEVKDDY
GEWRVVLVAEAKHQGKDIINIRNGLLVGKRGDQDLMAAGNAIERSHKNIS
EIANFMLSESHFPYVLFLEGSNFLTENISITRPDGRVVNLEYNSGILNRL
DRLTAANYGMPINSNLCINKFVNHKDKSIMLQAASIYTQGDGREWDSKIM
FEIMFDISTTSLRVLGRDLFEQLTSK
Die Sequenz hat eine Länge von 276 Aminosäuren und soll mit
FASTA aligned werden:
a) gegen die "SwissProt" Datenbank.
b) gegen die "SwissProtAll" Datenbank.
Loesung in lsg_2.4