6.1.a)Bestimmen Sie mögliche Targetting und Schnittstellen-Signale mit dem Signal-Predictor-Tool vom Center for Biological Sequence Analysis in Dänemark (http://www.cbs.dtu.dk/) und dem von Bernd Jagla entwickelten Schnittstellen-Identifikator (http://userpage.fu-berlin.de/~berndj/test.cgi).
6.1.b) Verwenden Sie fuer die Sekundärstrukturvorhersage die Tools GOR von Garnier und Robson:(http://molbiol.soton.ac.uk/compute/GOR.html) und den Centroid Secondary Structure Predictor aus der Vorlesung. Vergleichen Sie die Sekundärstrukturvorhersage jeweils mit der korrekten strukturbasierten Information.
6.1.c)Verwenden Sie das CATH-Tool, um die Strukturelle Einordnung des
Proteins zu erfahren: welches sind die vier Hauptklassen (Class), in die
die Proteine sich unterteilen lassen?
( http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath/
http://www.biochem.ucl.ac.uk/cgi-bin/cath/CATHSrch.pl?query=1cew&type=PDB
)
Anmerkung: Die Struktur und Sequenz-Datenbank Einträge sind oft
nicht sehr konsistent, vor allem sind in der PDB oft Terminale Sequenzen
abgeschnitten, um die Kristallisation zu ermöglichen.
MAGARGCVVL LAAALMLVGA VLGSEDRSRL LGAPVPVDEN
DEGLQRALQF AMAEYNRASN
0000000000 0111010011 1110000000 0000000000
0000000000 0010000000
^^Schnitt.^Hier faengt der PDB eintrag an!!
6.2.a) Verwenden sie das ProtScale Tool mit der Hydrophobizitäts-Skala von Kyte und Doolittle, um eine Vorhersage der transmembranen Regionen zu machen. Legen sie bei der Klassifikation einen Schwellenwert von 1.0-1.5 zugrunde, variieren Sie die Grösse des gleitenden Fensters (sliding window, etwa 5,9,13). Vergleichen Sie mit den Röntgenstrukturdaten.
6.2.b) Wie gut funktionieren die Sekundärstruktur-Vorhersage Tools
aus Aufgabe 1 bei diesem Protein?